השאלה הראשונה שיבדוק בית הדין לעבודה בכל מקרה שבו יפנה אליו אחד הצדדים ליחסי העבודה ויבקש את הכרעתו בפתרון מחלוקות היא, מה עשו הצדדים לפתרון המחלוקות לפני שהגיעו אליו. לשם מענה על שאלה זו יפתח בית הדין את ההסכם הקיבוצי, יבחן מה המנגנון שקבעו הצדדים כמוסכם ביניהם ליישוב חילוקי דעות וישאל אם המנגנון הופעל ומוצה.
במרבית המקרים ימצא בית הדין לעבודה בהסכמים קיבוציים מנגנונים מובנים וברורים, שהצדדים ליחסי העבודה קבעו לעצמם כמנגנונים מוסכמים לפתרון מחלוקות לפני ששוברים את הכלים.
במרבית המקרים, השלב הראשון בפתרון מחלוקות הוא זה המקומי; כלומר, ניהול משא ומתן בין ועד העובדים להנהלה, זאת לאור היתרון הברור של צדדים אלו – החיים זה לצד זה בשוטף – להבנת המחלוקות ולשרטוט הפתרונות האפשריים. אם ועד העובדים וההנהלה לא מצליחים לפתור את המחלוקות בהסכמה, תיכנס לתמונה ההסתדרות בניסיון להביא לפתרון המחלוקות בהסכמה, כאשר בדרך כלל תכונס לצורך זה ועדה פריטטית, שבה קולות ההנהלה ונציגות העובדים שווים.
שלבים אלו משקפים מחד את החשיבות של שמירת עצמאותו של ועד העובדים במקום העבודה, ומאידך את האחריות הארצית של ההסתדרות לניסיון לשמור על שקט תעשייתי במשק, לפני כל הכרזה על משבר אמיתי ביחסי העבודה.
במקרים שבהם גם ההסתדרות לא מצליחה להגיע להסכמה עם המעסיק, יכולה המחלוקת להיפתר באמצעות פניה לבית הדין לעבודה ובקשה ממנו שיכריע במחלוקות.
יש לזכור בהקשר זה, כי עצם הקמת בתי הדין לעבודה כמערכת משפט נפרדת לפתרון סכסוכים ביחסי עבודה מלמדת על הייחודיות שביחסי עבודה ועל הצורך בהקמת מערכת שתתמחה בפתרון סכסוכים אך ורק ביחסי עבודה – ועל כן גם החשיבות של מיסוד מנגנונים ליישוב חילוקי דעות.
על אף האמור לעיל, טרם פניה לבית הדין לעבודה מבקשים בדרך כלל הצדדים ליחסי העבודה למצות שלב נוסף לפתרון המחלוקות, זאת באמצעות שימוש בדרכים האלטרנטיביות שמציעה מערכת המשפט בישראל לפתרון סכסוכים.
שתי הדרכים העיקריות שמקובלות בהקשר זה הן הבוררות והגישור.
בהסכמים קיבוציים רבים מופיעה הבוררות כשלב מובנה בהליך יישוב חילוקי דעות, כך שבמקרה שלא הושגה הסכמה בין ועד העובדים, ההסתדרות וההנהלה, מועברת ההכרעה לבורר. על פי חוק הבוררות, הכרעתו של הבורר היא סופית ולא ניתן לערער עליה, אלא לכל היותר לבקש את ביטולה – דבר הנעשה לעתים רחוקות בלבד.
לכן, היתרון הגדול בבוררות הוא באפשרות של הצדדים לקבל הכרעה מהירה וסופית למחלוקת, המחייבת את שני הצדדים. החיסרון, כאמור, הוא בחוסר היכולת לערער על הכרעת הבורר.
הליך הבוררות מתנהל כמעט כמו הליך משפטי רגיל ויש בו שלבים של הגשת כתבי טענות, תצהירים, ניהול הליך הוכחות והגשת סיכומים, הגם שהדברים נעשים בקצב מהיר ולבורר יש גמישות גדולה יותר בהשפעה על אופן ניהול ההליך.
לצד הבוררות קיים הליך מקובל נוסף לפתרון מחלוקות ביחסי עבודה, הוא הליך הגישור. בניגוד להליך הבוררות ולבורר, בהליך הגישור אין הכרעה והמגשר אינו יכול לכפות דבר על הצדדים. הגישור כשמו כן הוא – הליך שנועד לגשר בין הצדדים ולהביא אותם לפתרון בהסכמה של המחלוקות ביניהם, באמצעות חתימה על הסכם גישור.
הליך הגישור אינו מתנהל כמו משפט ואין בו תהליכים מחייבים; הוא הליך שחלה עליו חובת סודיות באופן המקנה לצדדים את האפשרות לנהל ביניהם שיח חופשי על מנת לחשוף את האינטרסים האמיתיים שלהם ללא חשש, כדי להגיע בסופו של יום להסכמה בעזרת המגשר.
אם בוררות מסתיימת בסופו של דבר בהכרעה, הרי שגישור מסתיים בהסכמה ובהסכם.
לאור אופיים השונה, כל אחד מההליכים מתאים לפתרון של סכסוכים מסוג אחר. כך, כאשר נדרשת הכרעה סופית ומהירה והמחלוקת מערבת גם סוגיות משפטיות, עדיפה דרך הבוררות; לעומת זאת, כאשר המחלוקת נובעת ממשבר אמון ביחסי העבודה והכרעה של צד שלישי רק עלולה להקצין את היחסים בין הצדדים, עדיפה דרך הגישור.
לכן, אם דרך ההידברות הישירה – שהיא תמיד עדיפה – לא הצליחה ויש אפשרות לבחור בדרך חיצונית ליחסי העבודה לשם פתרון המחלוקות, צריך לדעת לבחור בחוכמה את הדרך המתאימה, זאת על מנת שלא להרוס את היכולת להמשיך ולנהל יחסי עבודה גם בבוקר שאחרי.